Virologie clinique et émergence virale
Thématiques de recherche
VIRAL est un groupe de recherche qui se consacre à l’étude des infections virales émergentes présentant un intérêt pour la santé animale et humaine, en combinant un lien étroit avec le terrain et les cliniciens vétérinaires pour mettre en œuvre des technologies innovantes et des approches environnementales. Notre recherche est organisée en 3 axes interconnectés (voir ci-dessous) et couvre une large gamme d’espèces animales, avec un accent sur la volaille et la faune sauvage.
Notre groupe a des collaborations très fortes avec d’autres équipes de l’unité IHAP et un réseau de collaboration étendu en France et à l’étranger.
Notre plateforme technique
PCR conventionnelle et en temps réel, PCR numérique, hybridation in situ (RNAScope), séquençage de troisième génération (Oxford Nanopore Technologies), ELISA, culture de virus aviaires (lignées cellulaires ou œufs embryonnés).
Membres
Scientifiques
- Stéphane BERTAGNOLI, Professeur en virologie clinique et vaccinologie, maladies du lapin
- Pierre BESSIERE, Chaire de recherche INTERFACES (dotée par le fonds de recherche CEVA Wildlife), virus émergents et interfaces virales
- Guillaume CROVILLE, Ingénieur de recherche, virologie clinique moléculaire, séquençage de nouvelle génération
- Nicolas GAIDE, Professeur associé, pathologie des infections virales
- Jean-Luc GUERIN, Professeur, médecine et virologie aviaire, grippe aviaire
- Julien HIRSCHINGER, Scientifique contractuel, écologie des maladies virales de la faune sauvage
- Guillaume LE LOC’H, Professeur associé, médecine zoologique, infections virales de la faune sauvage
- Sébastien SOUBIES, Chaire de recherche INRAE, écologie des virus de l’influenza aviaire
Equipe technique
- Lilou BORTOT (Technicienne contractuelle)
- Clément CASTILLE (Ingénieur junior contractuel)
- Cécile CAUBET (Technicienne permanente, ENVT)
- Marie DARD (agent cont. 50% partagée avec VIREMIE)
- Charlotte FORET (Ingénieure INRAE, partagée avec VIREMIE)
- Laura LEBOUTEILLER (Ingénieure junior contractuelle)
- Aurélie SECULA (Technicienne permanente, INRAE)
Doctorants
- Dilan ANDRIEUX
- Manuela CRISPO
- Lorette HIVERT
- Florent LAVIGNE
- Laetitia MONTACQ
- Mathilda WALCH
5 publications principales
Croville G, Walch M, Sécula A, Lèbre L, Silva S, Filaire F, Guérin JL. An amplicon-based nanopore sequencing workflow for rapid tracking of avian influenza outbreaks, France, 2020-2022. Front Cell Infect Microbiol. 2024 Jan 22;14:1257586.
Bessière P, Gaide N, Croville G, Crispo M, Fusade-Boyer M, Abou Monsef Y, Dirat M, Beltrame M, Dendauw P, Lemberger K, Guérin J-L, Le Loc’h G. High pathogenicity avian influenza A (H5N1) clade 2.3.4.4b Virus infection in a captive Tibetan black bear (Ursus thibetanus): investigations based on paraffin-embedded tissues, France, 2022. Microbiol Spectr. 2024 Mar 5;12(3):e0373623.
Gaide N, Filaire F, Bertran K, Crispo M, Dirat M, Secula A, Foret-Lucas C, Payré B, Perlas A, Cantero G, Majó N, Soubies S, Guérin JL. The feather epithelium contributes to the dissemination and ecology of clade 2.3.4.4b H5 high pathogenicity avian influenza viruses in ducks. Emerg Microbes Infect. 2023 Dec;12(2):2272644.
Duriez O, Sassi Y, Le Gall-Ladevèze C, Giraud L, Straughan R, Dauverné L, Terras A, Boulinier T, Choquet R, Van De Wiele A, Hirschinger J, Guérin JL, Le Loc’h G. Highly pathogenic avian influenza affects vultures’ movements and breeding output. Curr Biol. 2023 Sep 11;33(17):3766-3774.e3.
Filaire F, Lebre L, Foret-Lucas C, Vergne T, Daniel P, Lelièvre A, de Barros A, Jbenyeni A, Bolon P, Paul M, Croville G, Guérin JL. Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N8) Clade 2.3.4.4b Virus in Dust Samples from Poultry Farms, France, 2021. Emerg Infect Dis. 2022 Jul;28(7):1446-1450.